新冠病毒核酸检测的对象是病毒内部的核酸基因片段。核酸保存液是保护病毒核酸在体外不会迅速降解，以便于核酸序列扩增而达到检测目的。主要分为灭活型和非灭活型两大类。- 灭活型保存液是以核酸提取裂解液为基础配制的保存液，主要成分为平衡盐类、螯合剂、胍盐、表面活性剂等。灭活型保存液有两种：一种是含胍盐型，能够迅速高效地使蛋白质变性，裂解细胞释放核酸，消除核酸分解酶（RNase），使病毒核酸稳定，同时也可以达到灭活病毒的效果。另一种是不含胍盐型，含有表面活性剂，不裂解病毒表面的衣壳蛋白，保持了病毒的完整性，病毒也不易存活。
- 非灭活型保存液可同时保留病毒的蛋白质外壳和病毒核酸，最大程度地保持了病毒样本的原始性，除了用于病毒核酸检测外还可用于病毒培养等。但是因为病毒未被灭活，一旦操作失误会有感染风险。
《医疗机构新型冠状病毒核酸检测工作手册（试行第二版）》中明确指出“人群筛查应选择具有病毒灭活功能如含胍盐（异硫氰酸胍或盐酸胍等）或表面活性剂的采样管。首选胍盐的采样管。发热门诊或急诊的快速检测，则根据所用的核酸检测试剂的要求确定采样管”。
新冠病毒抗原检测的对象是病毒表面特异性的蛋白。抗原保存液的主要成分为低离子强度的缓冲液（如Tris缓冲液、PBS缓冲液等）和表面活性剂（如Brij58、Triton X-100等）。抗原保存液的主要作用是保护抗原蛋白不发生蛋白质变性或分解，可与检测试纸条上金标记的特异性抗体发生反应。核酸保存液内的胍盐等成分会使抗原蛋白变性，影响抗原抗体反应，无法形成抗原抗体复合物，造成假阴性或者无效结果。所以，新冠病毒核酸和抗原的保存液是不可以共用的。
此外，不同厂家的抗原保存液也不能混用。不同品牌产品间成分存在较大差异，且各厂家的抗原检测试剂性能（特异性和灵敏度）与配套保存液的pH值有关。大多数层析法的抗原抗体反应的最适pH值为碱性时，试剂特异性和灵敏度最优。当使用非配套的样本保存液会导致反应环境的pH值改变，造成假阳性或假阴性的结果。
